El NIAID té laboratoris interns a Maryland i Hamilton, Montana, i finança la investigació realitzada per científics d’institucions dels Estats Units i de tot el món. El NIAID també treballa estretament amb socis acadèmics, industrials, governamentals i organitzacions no governamentals en esforços polifacètics i multidisciplinars per fer front a reptes emergents de salut com el virus pandèmic H1N1/09 i la pandèmia de COVID-19.