El 1857 va ser reclamada per als Estats Units pel capità de navili Peter Duncan, basant-se en la llei nord-americana sobre les illes del Guano (fem d'aus marines)[1] i, malgrat l'oposició d'Haití, els americans van explotar aquest fertilitzant natural del 1865 al 1898.
Una vegada abandonada l'extracció de guano, Navassa va tornar a agafar protagonisme amb l'obertura del Canal de Panamà (1914) quan s'hi va instal·lar un far per a protegir la nova ruta.
A partir de 1998 es va valorar el territori en considerar-lo com a reserva de la biodiversitat del Carib.