Per les seves activitats, el 1956 va ser un dels acusats durant el conegut com a Judici per Traïció. Va ser arrestada acusada d'alta traïció el desembre d'aquell any, i el 1957 vanejada de qualsevol activitat pública. El judici per traïció es va allargar durant 4 anys, però finalment va ser absolta el 1961. Tot i el seu alliberament, el 13 d'octubre de 1962 Helen es va convertir en la primera persona a patir arrest domiciliari sota la nova Llei del Sabotatge que feia poc havia aprovat el govern apartheid. Va sobreviure diversos atemptats, com quan van disparar a través de la finestra del seu dormitori, o quan van col·locar una bomba amb cable a la porta de casa seva. L'últim vaneig se li va aixecar quan tenia 80 anys.[2]
Helen no va tenir fills propis, però sovint actuava en el lloc dels pares dels fills dels seus camarades tancats a la presó o marxats a l'exili. Uns dels fills de qui es va fer càrrec van ser les filles de Winnie i Nelson Mandela Zinzi i Zenani, així com Ilsa, la filla de Bram Fischer.
Hi ha diversos espais que porten el seu nom, com l'antic carrer Davenport Road de Glenwood, a Durban, el Helen Joseph Hospital de Johannesburg, una residència d'estudiants de la Universitat de Rhodes (Grahamstown, South Africa), i un carrer a Rustenberg. La Llei de Canvi de Noms de Carreteres (Road Name Change Act) va ser aprovada pel govern de sud-àfrica a partir del 2007, canviant el nom de diversos carrers, com ara el de Davenport Road, que tenien noms d'origen colonial.
