La seua música, tot i ser moderna i recollir influències del blues o la música cubana, es basa en les tradicions musicals de Mali i, molt especialment, en la tradició griot (els músics ambulants que transmetrien històries) a la qual la seua família pertanyia. En els seus discos i concerts, Habib Koité canta i toca la guitarra acústica, però sovint fa servir també altres instruments tradicionals d'Àfrica.
