Bòsnia i Hercegovina era sota sobirania de l'Imperi Austrohongarès abans de la Primera Guerra Mundial.[2] El futbol entrà a Sarajevo el 1903[3] i a Mostar el 1905.[4] Durant aquests anys nasqueren els dos primers grans clubs del país, el Slavija Sarajevo (1908) i el SASK Sarajevo (1910). L'any 1919, Bòsnia s'integrà dins Iugoslàvia. Aquests dos clubs destacaren durant aquests anys a les competicions iugoslaves. L'Slavija representava la minoria sèrbia, mentre que el SASK representava la minoria croata. Altres clubs de menor potencial a Sarajevo foren el NK Đerzelez,[5] de la minoria musulmana i el Makabi Sarajevo/Barkohba, de la minoria jueva bòsnia.[6] A la ciutat de Banja Luka destacà aquests anys el Kraijsnik.
A la dècada dels 90 Iugoslàvia es desintegra en els estats actuals i Bòsnia i Hercegovina pateix una greu guerra. L'any 1995 la federació de Bòsnia (NSBiH) és reconeguda per la UEFA i disputa el seu primer partit internacional. La NSBiH fou creada per la minoria musulmana. També es crearen dues altres federacions, la croata (Federació d'Herceg-Bosna) i la sèrbia (Federació de Srpska), aquestes darreres no reconegudes internacionalment. Cada federació organitzà els seus propis campionats. A partir del 1997/98 croats i musulmans inicien un apropament i el 2000, la federació croata s'integra dins la musulmana. El 2002/03, els serbis s'uniren també a la NSBiH.
La selecció es classificà per primer cop per a un Mundial de futbol el 2014.[7][8]