Fumiyuki Beppu passà al professionalisme el 2005 de la mà de l'equip Discovery Channel. El 2008 passà a l'Skil-Shimano, on un dels seus patrocinadors era japonès. El 2009, junt a Yukiya Arashiro, foren els primers japonesos a finalitzar el Tour de França, acabant en la posició 112a.[1] En la darrera etapa d'aquella edició Beppu guanyà el premi de la combativitat.
