Va ser reconegut per formar equip artístic amb Motoo Abiko (安孫子 素雄, Abiko Motoo, 1934-), una relació que s'allargaria des de 1951 fins a 1987. A partir del 1954 van signar les seues creacions amb el nom de Fujiko Fujio, especialitzant-se en el manga d'humor i adquirint una gran acceptació entre el públic infantil. Un cop dissolta la seva societat el 1987, per tal diferenciar cadascuna de les seues obres, Fujimoto també va emprar el pseudònim de Fujiko F. Fujio, mentre que Abiko, al seu torn, va prendre el nom de Fujiko Fujio A.
Conjuntament van crear el mangaObake no Q-tarō (オバケのQ太郎) (1964–1966, 1971–1974), que constituiria el seu primer gran èxit. Posteriorment, van crear la seua obra més famosa, Doraemon (ドラえもん) (1970–1996), basada en les aventures d'un gat-robot i el seu company Nobita. Doraimon va esdevenir un dels kodomos més cèlebres de la història del manga i l'anime.[1]
