La frontera està situada integralment en el curs del riu Kagera. Comença al trifini amb les fronteres Burundi-Tanzània i Burundi-Ruanda. Després de seguir els 218 kilòmetres del curs del riu Kagera acaba novament al trifini Uganda-Ruanda i Uganda-Tanzània.[1] En 2014 es va construir un pont per travessar el riu Kagera per facilitar el trànsit[2] alhora que es construïen duanes comunes obertes les 24 hores.[3]