El 27 de maig de 1786 es va casar al Palau de Christiansborg, a Copenhaguen, amb Lluïsa Augusta de Dinamarca (1771-1843) princesa de la casa reial danesa d'Oldenburg, com ell mateix. Oficialment, Lluïsa Augusta era filla del rei Cristià VII de Dinamarca (1749-1808) i de Carolina Matilde de Hannover (1751-1775), però el pare biològic seria Johann Friedrich Struensee, metge de la Cort i persona molt influent en els afers d'estat, tenint en compte els problemes de salut del Rei. Amb aquest casament concertat s'assegurava que si alguns dels seus descendents havia d'ascendir al tron seria realment de sang reial danesa, unint les dues branques de la casa reial, la d'Oldenburg i la d'Augustenborg, i evitant a la vegada l'enllaç matrimonial de la princesa amb la família reial sueca. El matrimoni va tenir tres fills: