En el seu retorn a Santa Fe (Nou Mèxic) i Ciutat de Mèxic en 1777 Domínguez va remetre als seus superiors franciscans una crònica força crítica amb l'administració de les missions de Nou Mèxic. Les seves observacions li portaren la pèrdua de confiança de la jerarquia franciscana, raó per la fou enviat a una missió perduda al nord de Mèxic, als presidis de Nova Biscaia, on va morir el 1803.
Malgrat que l'expedició d'Escalante fracassà en el seu intent d'arribar a Califòrnia, aportà el coneixement de noves terres inexplorades de l'actual Utah.