El Red Bull Salzburg es va fundar el 13 de setembre de 1933 amb el nom SV Austria Salzburg. El 1978 va canviar el nom a SV Casino Salzburg i el 1997 a SV Wüstenrot Salzburg. El 6 d'abril de 2005 la franquícia Red Bull va comprar el club, anunciant que fundaven un nou club, malgrat que la Federació Austríaca el considera el mateix nom. Van canviar el nom per l'actual, també els colors qua abans eren blanc i violeta i van incloure el logotip de Red Bull a l'escut. Tants canvis van provocar una divisió entre l'afecció del club. D'una banda els "blanc-i-rojos" que donen suport a l'actual directiva del clib i d'altra els "blanc-i-violetes", més tradicionals, que estan en contra i van acabar fundant el 2006 un nou club, el SV Austria Salzburg.
