La programació de Fly Music era musical, centrada en videoclips i programes especials on s'entrevistaven a artistes o es cobrien festivals. El canal va començar a emetre el 30 de novembre de 2005, dia del començament de la nova televisió digital terrestre a Espanya, amb un horari restringit, des de les 19:00 fins a les 01:00. Durant els seus primers dies Fly va emetre blocs de videoclips.[3][4]
Als pocs mesos el canal va començar a ampliar la seva programació, arribant els 2 principals programes durant l'existència de la cadena: El Flyer, en el qual es donava cabuda a notícies d'actualitat musical, i Top Fly, llista d'èxits de Fly Music. Durant aquesta època la cadena va començar a cobrir festivals com el Metrorock, el Summercase o el Festival Internacional de Benicàssim, i va començar a patrocinar esdeveniments relacionats.
Fly Music va prendre un rumb especialitzant-se en música de caràcter indie i grups internacionals, encara que també donava cabuda a alguns temes comercials, centrant-se també en les novetats del mercat discogràfic. El canal va afermar la seva programació amb nous espais com Fly Series (dedicat a artistes temàtics) o Fly Up (videoclips al matí) i l'espai dedicat a artistes independents i música experimental, Cara B (en les matinades). El canal va ampliar el seu horari a les 13:00 al començament de 2007, per passar a començar a les 7:00 el 8 d'octubre de 2007.
No obstant això, el canal no va aconseguir unes dades d'audiència destacats per Vocento, que va decidir reduir l'horari del canal donant pas a blocs de teletenda des de l'11 de febrer de 2008, concentrant els horaris del canal de 7:00 a 13:00 i de 19:00 a 02:00. Nogensmenys, la cobertura a festivals es va ampliar i es va continuar treballant en l'oferta de nous artistes i concerts.
Després de l'entrada de Disney a l'accionariat de Vocento en 2008, el grup estatunidenc va anunciar que començaria a emetre el seu canal, Disney Channel, en obert per a tot el país a partir de l'1 de juliol de 2008, cosa que va fer oficial el 28 de maig, per la freqüència que fins llavors ocupava el canal musical.[5] Per tant Fly Music es va deixar d'emetre el 30 de juny d'aquell any.[6][7]
