Bunyodkor significa "creador" en idioma uzbek. El club va ser creat el 6 de juliol de l'any 2005 amb el nom de Neftgazmontaj-Quruvchi, sovint abreujat Kuruvchi (en uzbek "constructor"). Començà jugant el campionat de la regió de Taixkent fins que ascendí a la segona divisió del país, que guanyà el mateix any, ascendint a la primera categoria la temporada 2007-2008.
L'agost de 2008 canvià el seu nom per l'actual, Bunyodkor.[1]
El club té una bona relació amb el FC Barcelona, amb qui disputà partits amistosos a Taixkent i concertà entrenaments al Camp Nou.[2] Diversos jugadors del Barça també hi van fer uns clínics de formació, Andrés Iniesta i Carles Puyol, juntament amb Cesc Fàbregas.[3]
