Estefanía Banini va néixer a la ciutat de Mendoza, Argentina. És filla de Tito Banini i Elizabeth Ruiz.[1] Banini es va iniciar futbolísticament en el Club Cementista de Mendoza, un club de futbol sala masculí, al que va ingressar als 5 anys. Als 16 anys va passar a formar part del club Las Pumas de la mateixa ciutat.[2][3]
Colo-Colo
Després del seu bon acompliment en la Copa Amèrica Femenina 2010, és contactada pel preparador físic de Colo-Colo, Paulo Escudey, qui inicia les gestions perquè el club incorpore a la jugadora argentina. Finalment Banini segella un acord d'un any amb Colo-Colo, el qual considera un sou de USD $ 500 a 600.[4]
En el seu primer any a la casa alba, aconsegueix els campionats d'Apertura i Clausura. A més obté el subcampionat de la Copa Libertadores Femenina 2011 després de perdre per 1-0 davant el São José.
A l'any següent aconsegueix el triplet, després de vèncer en el Campionat d'Obertura 2012. Va disputar la Copa Libertadores Femenina 2012, arribant a la final continental davant el Foz Cataratas. El partit va finalitzar 0:0, per la qual cosa va definir mitjançant llançaments de penal, instància en la qual Colo-Colo es va imposar 4:2 i es va coronar campió de Copa Libertadores per primera vegada.
El seu gran acompliment amb les albes acabaria traduint-se en l'obtenció del premi a la Millor esportista del futbol femení de Xile, sent la primera estrangera a obtenir-ho des de la seva instauració en 2007.[5]
Washington Spirit
El 22 de gener de 2015, el club nord-americà Washington Spirit va anunciar la contractació de la migcampista argentina, gràcies a gestions realitzades pel exentrenador de la selecció femenina de futbol de l'Argentina, Ezequiel Nicòsia.[6][7] El 8 de maig del mateix any, després d'amb prou feines quatre partits disputats, el club comunica que la jugadora estarà fora de les pistes per 5 a 6 mesos, després d'una lesió del seu genoll dret.[8]