El 1956, es va convertir al catolicisme romà (la seva mare el va batejar durant la guerra per salvar-lo de ser enviat a un camp de concentració). El 1957 va ingressar a l'Abadia de la Dormició, al Mont Sió, on va començar a treballar en el seu monumental Últim Sopar i es va dedicar a produir petites pintures sobre temes religiosos com Moisès i l'Arbust Ardent, que va culminar amb una comissió per pintar tres quadres d'altar sobre pergamí, el cicle dels Misteris del Sant Rosari (1958-1961), per a la Rosenkranzkirche a Hetzendorf, Viena. També va tractar temes contemporanis en la seva obra mestra d'aquest període, Salm 69 (1949-1960). (Fuchs, 1978, pàg. 53).
Fuchs va tornar a Viena el 1961 i va tenir una visió que va anomenar verschollener Stil (estil perdut), la teoria que va exposar en el seu inspirat i grandiós llibre Architectura Caelestis: Die Bilder des verschollenen Stils (Salzburg, 1966). També va produir diversos cicles importants d'estampats, com Unicorn (1950-1952), Samson (1960-1964), Esther (1964-1967) i Sphinx (1966-1967; tots il·lustrats a Weis).
A partir de 1970, es va embarcar en nombrosos projectes escultòrics com La Reina Esther (de 2,63 m, 1972), situada a l'entrada del museu, i també muntada a la tapa del radiador del Cadillac a l'entrada del Museu Dalí a Figueres, Catalunya.
El 1972, va adquirir l'abandonada Vila Otto Wagner, a Hütteldorf, que va restaurar i transformar. La vila va ser inaugurada com a Museu Ernst Fuchs el 1988.
2004: Creu d'Honor austríaca per a la Ciència i l'Art, 1a classe.
2010: Gran Condecoració de Caríntia.
2010: Medalla d'Or d'Honor pels Serveis a la ciutat de Viena.
Publicacions
Architectura caelestis: die Bilder des verschollenen Stils (Salzburg: Residenz, 1966/Pb ed., Dtv, 1973).
Album der Familie Fuchs (Salzburg: Residenz, 1973).
Im Zeichen der Sphinx: Schriften und Bilder, ed. Walter Schurian (Múnic, Dtv, 1978).
Aura: Ein Märchen der Sehnsucht (Múnic: Dtv, 1981).
Der Prophet des Schönen: Arno Breker (Marco, 1982).
Von Jahwe: Gedichte (Múnic, 1982).
Altres publicacions
1977 - Fuchs über Ernst Fuchs: Bilder und Zeichnungen von 1945-1976, (R.P. Hartmann Paris) ISBN 978-3-492-02283-5(alemany).
2003 - Ernst Fuchs - Zeichnungen und Graphik aus der frühen Schaffensperiode - 1942 bis 1959. (Friedrich Haider) (Wien: Löcker-Verlag) ISBN 3-85409-387-X(alemany).
2005 - Fantastic Art (Taschen)(Schurian, Prof. Dr. Walter) ISBN 978-3-8228-2954-7(anglès).
Ernst Fuchs: Zeichnungen und Graphiken, (Ketterer-Kunst, 1967).
H. Weis, ed.: Ernst Fuchs: Das graphische Werk (Vienna, 1967).
Ernst Fuchs: Homage à Böcklin, (Frankf./Main/Geneva/Vienna, 1971).
Ernst Fuchs: oeuvre gravé (Friburg: Musee d'art et d'histoire, 1975).
Fuchs über Ernst Fuchs: Bilder und Zeichnungen von 1945-1976, ed. R. P. Hartmann (Paris, 1977).
Ernst Fuchs: Arbeiten für der Hamburger Staatsoper, (Hamburg 1977).
R. P. Hartmann, ed.: Ernst Fuchs: Das graphische Werk, 1967-1980 (Múnic, 1980).
Ernst Fuchs: Bildalchemie, (Osnabrück: Kulturgesichtliches Mus., c1981).
Gedichte von Jahwe (Múnic: R. P. Hartmann, 1982).
U. Hotzy, Ernst Fuchs: die Werke aus den Jahren im Ausland (Salzburg, Univ., Diss., 1982).
Fuchs Graphik: Sydows Katalog einer idealen Sammlung, ed., Heinrich v. Sydow-Zirkwitz (Berlin: Studio 69, 1983).
Planeta Caelestis (Berlin i Múnic, 1987).
Der Feuerfuchs, ed. R. P. Hartmann (Frankf./Main: Umschau Verlag, 1988).
Ernst Fuchs und Wein, (Landau/Pfalz: Verein Südliche Weinstrasse, 1995).
Der Maler mit den 16 Kindern, (Die Welt, 4 de novembre de 2001).
Masters, Robert E.L. and Houston, Jean Psychedelic Art New York:1968 A Balance House book - imprès per Grove Press, Inc. (conté unes quantes reproduccions de l'obra d' Ernst Fuchs)