Bessel-Hagen va néixer a Charlottenburg (avui un barri de Berlín), fill del cirurgià Friedrich Carl Bessel-Hagen, director de l'hospital de la ciutat, cap del seu consell mèdic i professor de cirurgia. El seu germà gran va ser el reconegut geògraf Hermann B. Hagen, que va arribar a ser director de l'Institut Iberoamericà de Berlín.[1] El 1917 va acabar el estudis secundaris a Charlottenburg amb mencions especials en grec clàssic, matemàtiques i física. El mateix any va ingressar a la universitat de Berlín, on a més d'estudiar matemàtiques, també va assistir a classes d'altres disciplines, especialment de filologia clàssica amb els professors Ulrich von Wilamowitz-Moellendorff i Hermann Alexander Diels.[2] Aquesta passió pel grec clàssic va fer que mantingués un llarga relació d'amistat amb l'arqueòleg grec Spirídon Marinatos, a qui va conèixer durant els seus estudis.[3]
L'any 1920 va obtenir el doctorat amb una tesi dirigida per Constantin Carathéodory[4] i el curs següent va seguir cursos post-doctorals a la universitat de Göttingen. Allà va cridar l'atenció de Felix Klein, qui el va incorporar com coeditor dels seus tractats de matemàtiques i per fer-li d'assistent.[5] Al 1925 va aconseguir l'habilitació docent; durant aquests anys a Göttingen va establir unes fortes i duradores amistats amb Otto Neugebauer i, sobre tot, amb Carl Siegel.
El 1927 va ser contractat per la universitat de Halle; però només hi va estar un curs, ja que el curs 1928/29 es va incorporar a la universitat de Bonn, en la qual va fer la resta de la seva carrera acadèmica.[6] A Bonn va dirigir, juntament amb Otto Toeplitz i Oskar Becker, el seminari d'història de les matemàtiques.[7] El seu coneixement de llengües, sobre tot del grec clàssic però també de l'àrab, el feien especialment adequat per aquesta tasca.[8]
Bessel-Hagen tenia una personalitat molt tímida, cosa que sempre el va fer blanc dels acudits dels alumnes... i dels col·legues: Béla Kerékjártó en un llibre seu de 1923 posava en el seu índex onomàstic que a la pàgina 151 hi havia una referència a Bessel-Hagen, però en anar a aquesta pàgina, no era citat; el que si hi havia a la pàgina era un diagrama d'una esfera amb una mena de grans nanses que semblaven gran orelles.[9] Sanford L. Segal recordava que en els anys 60's (vint anys després de la mort de Bessel-Hagen), quan encara era estudiant de grau, havia sentit acudits matemàtics que tenien com protagonista Bessel-Hagen.[10] Aquest caràcter i la seva honestedat, van fer que patís de forma extrema el nazisme, convertint-se en un exponent de l'exili interior. Va ser l'únic professor que va continuar visitant regularment Felix Hausdorff després que fos destituit i li portava llibres de la biblioteca a la que Hausdorff tenia prohibit l'accés.[11]
Aquest mateix caràcter retret, i amant de la veritat i de l'exactitud, va fer que publiqués molt poc: només una dotzena d'articles científics i una desena de recensions.[12]
O'Connor, John J.; Robertson, Edmund F. «Erich Bessel-Hagen» (en anglès). MacTutor History of Mathematics archive. School of Mathematics and Statistics, University of St Andrews, Scotland.