Harper va néixer a Red Sucker Lake, una reserva al nord de Manitoba. Va assistir a escoles residencials a Norway House, Brandon i Birtle, Manitoba, aleshores a l'escola secundària a Garden Hill i Winnipeg. Va estudiar a la Universitat de Manitoba el 1971 i el 1972. Més tard va treballar com a treballador de desenvolupament comunitari, supervisor de la Germandat índia de Manitoba i analista de programes per al Manitoba Department of Northern Affairs.[1]
De ben jove fou membre de l'Indian and Metis & Inuit Student Association, deixà la Universitat per treballar a la Manitoba Indian Brotherhood (MIB) a la seva reserva (1972). Fou escollit cap dels Red Sucker Lake el 1978-1982, i diputat per Rupertsland (Manitoba) en el parlament local el 1981 pel NDP. Entre 1981 i 1986 fou cap del Grup de Treball del Northern Hidro Developement i copresident del Native Affairs Commitee,[2] i l'abril del 1986 ministre sense cartera responsable d'afers del Nord.[2] El 23 de juny del 1990 vetà nou cops al Parlament de Manitoba l'aprovació dels Acords de Meech Lake perquè no reconeixien els drets dels indis a la propietat de la terra originària.[3] Va rebre suport d'Ovide Mercredi, cap de l'Assemblea de Primeres Nacions, i donà suport als mohawks en el seu contenciós amb Quebec. Ocuparia l'escó al parlament canadenc fins al 1997.[4]