La CAOI va néixer en el seu Congrés Fundacional[1] celebrat a la ciutat del Cusco durant els dies 15 i 17 de juliol de 2006. El seu objectiu és promoure la defensa de l'autodeterminació i el territori dels pobles indígenes, lluitar contra la criminalització de les demandes i la militarització del territori sota sobirania indígena, així com desenvolupar alternatives d'incidència política als fòrums internacionals.[2][3]