L'any 2005 se celebrà el III Congrés Nacional de CC, en què adoptà la bandera de les set estrelles verdes[2] i desaparen els partits polítics que formaven CC i restant com a partit únic, per bé que en algunes seus del partit a Tenerife segueix apareixent el logo de l'ATI.
Després d'una gran crisi a Gran Canària, el sector crític del partit en aquesta illa, promoguda per l'antic president de la comunitat autònoma Román Rodríguez juntament amb altres persones, van trencar el partit en 2005 creant una nova formació política, denominada Nueva Canarias. La formació va amenaçar de trencar els grups en el Congrés i el Senat si no s'arribava a un acord sobre la divisió de funcions en les tasques parlamentàries. Finalment es va crear el nou grup polític Coalició Canaria-Nueva Canarias, compartint els torns de paraula, portaveus i treballs en comissió. Posteriorment el Centro Canario Nacionalista (CCN) va abandonar la coalició, presentant-se per separat a les eleccions de 2007.
En el III Congrés dels nacionalistes, celebrat a La Palma, Unión Bagañeta va expressar el distanciament amb Coalició Canària, així com la seva intenció de mantenir les seves sigles i el seu desig, per tant, de no integrar-se plenament dins de la Coalició. Unión Bagañeta, que governa amb majoria absoluta l'Ajuntament de Tazacorte, a La Palma, va adoptar en l'esmentat congrés com a bandera del partit la bandera dels set estels verds, històricament feta servir per l'independentisme canari.
.svg)