L'equip femení va començar a disputar partits oficials als anys 40,[2] debutant en competició la temporada 1943-44 a la segona categoria del Campionat de Catalunya. La temporada següent s'unifiquen totes dues categories en un sol grup de primera i el Joventut jugarà per primera vegada a la primera categoria, la catalana, ja que durant aquests anys encara no existia cap competició superior.[3] Els anys següents el bàsquet femení perd força arreu, principalment degut a que les jugadores, a instàncies de la Secció Femenina, foren obligades a fer el Servicio Social per legalitzar les fitxes federatives.[4]
No va ser fins als 50, gràcies a l'impuls de Pere Gol, que l'equip femení de la Penya va començar a competir de manera regular. Gol introdueix novament el bàsquet femení a la Penya el 1956, i un any més tard comença a competir novament.[5] La temporada 1963-64 el Joventut es proclama campiones de la segona divisió nacional, i la temporada següent participa per primera vegada a la primera categoria de la Lliga espanyola de bàsquet femenina, creada un any abans.[6] S'hi va mantenir a la màxima categoria fins al 1971, quan no va poder mantenir-la per la falta de recursos econòmics, fet que succeiria en més d'una ocasió.[7]
L'equip va tornar a assolir l'ascens a la màxima categoria el 1982, però va haver de renunciar per problemes econòmics abans d'iniciar-se la competició.[8] El mateix tornà a succeir l'estiu de 1988.
L'any 2020 ascendeix a la Lliga Femenina Challenge, la segona categoria nacional. La temporada 2022-23 l'equip de Jordi Vizcaino es classifica per disputar la fase d'ascens a la Lliga Femenina però quedà eliminada als quarts de final davant La Cordà de Paterna, l'equip filial del València Basket.[9] La temporada següent torna a classificar-se pel play-off d'ascens, arriba a la final a quatre i derrota a la final al CAB Estepona, equip anfitrió, assolint així l'ascens per jugar la temporada 2024-25 a la Lliga Femenina Endesa.[1]