El Club Esportiu Guijuelo es va fundar el 1974. El seu primer president va ser David Hernández Ingelmo.
La temporada 2003/04 l'equip debuta a la Segona divisió B. En aquesta categoria només dura una temporada. Aquest any torna a la Tercera Divisió (Grup VIII), encara que torna a ascendir a 2a B, on milita des de llavors.