La seva primera participació en el campionat amateur de futbol argentí fou l'any 1919, acabant subcampió. Des de l'adveniment del professionalisme l'any 1931, el club sempre ha militat a la màxima categoria, excepte en el període 1941-1943.
La figura més emblemàtica del club ha estat Carlos Bianchi. Com a jugador, contribuí al títol de lliga aconseguit l'any 1968, a més de ser màxim golejador de primera divisió els anys 1970, 1971 i el 1981. Com entrenador, Bianchi portà l'equip a tres títols argentins (Clausura 1993, Apertura 1995 i Clausura 1996), a més d'una Copa Libertadores i una Copa Intercontinental de futbol (ambdues el 1994) i una Copa Interamericana el 1995. Durant aquest període destacaren al club els jugadors José Luis Chilavert i Omar Asad ("El Turco"), qui marcà el gol de la victòria a la final de la Copa Intercontinental.
El Vélez també disposa de seccions masculina i femenina de voleibol a la primera divisió argentina, a més de seccions de bàsquet, hoquei patins i hoquei herba, entre d'altres.