Guerra va cursar estudis de cinema i televisió en la Universitat Nacional de Colòmbia. Després de dirigir alguns curtmetratges, va debutar amb el llargmetratge La sombra del caminante en 2004 a l'edat de 23 anys. La pel·lícula va ser seleccionada com a candidata colombiana en la categoria de Millor Pel·lícula en Idioma Estranger en l'edició número 78 dels Premis Oscar, però no va ser nominada. La seva següent pel·lícula, Los viajes del viento, va competir en la secció Un Certain Regard del Festival de Canes de 2009 i va ser novament seleccionada com a candidata colombiana als Oscar.[4]
La pel·lícula de 2015 El abrazo de la serpiente es va projectar en la Quinzena de Realitzadors del Festival de Cannes de 2015, on va guanyar el premi C.I.C.A.E. Va obtenir el guardó a millor pel·lícula en els festivals de Odessa i Lima. La pel·lícula també va estar entre les nominades a Millor Pel·lícula en Idioma Estranger en els Óscar, sent la primera pel·lícula colombiana nominada en aquesta categoria.[5]
El 22 de novembre de 2017, Netflix va ordenar la producció de la sèrie Frontera verde, basada en una idea original de Diego Ramírez Schrempp i Jenny Ceballos de Dynamo Producciones. Guerra va ser acreditat com a productor executiu de la sèrie, al costat de Diego Ramírez Schrempp, Andrés Calderón, Jorge Dorado i Cristian Conti. Frontera verde va ser dirigida per Guerra, Laura Mora Ortega i Jacques Toulemonde Vidal i escrita per Mauricio Leiva-Cock, Antón Goenechea, Camila Brugrés, Gibrán Portela, Javier Peñalosa, María Camila Arias, Natalia Santa i Nicolás Serrano. La minisèrie es va estrenar en Netflix el 16 d'agost de 2019.[6]
El 24 de juny de 2020, la revista Volcánicas va publicar un reportatge amb el testimoniatge de set dones que narraven situacions d'assetjament sexual per part de Guerra, en alguns casos amb violència.[11] Un testimoni addicional contava com el director hauria abusat sexualment d'una dona que es trobava a casa seva, a Bogotà. Les presumptes agressions haurien ocorregut entre el 2013 i el 2019.[12] La notícia va ser difosa per diferents mitjans de comunicació colombians[13][14] i estrangers.[15][16]
Tot seguit, el cineasta va publicar un vídeo en què va rebutjar la validesa de les acusacions[17] i va fer una crida a la justícia per tal que revelés la veritat dels casos. No obstant això, les autores del reportatge van esmentar posteriorment que l'objectiu de la denúncia va ser fer un toc d'atenció sobre la normalització de la violència sexual en la indústria audiovisual colombiana, cosa que obstaculitza el creixement professional de les dones i les afecta físicament i emocionalment.[18]
Tanmateix, el maig del 2021 un tribunal de Bogotà, que investigava un possible delicte de difamació de la revista Volcánicas, va posicionar-se a favor de Guerra, atès que les proves «no s'ajustaven als requisits de veracitat i imparcialitat». Les editores de la revista, Catalina Ruiz Navarro i Matilde de los Milagros Londoño, van preferir no demanar més informació a les suposades víctimes per a no posar-les en perill.[12]