Prinz va començar la seva carrera a l'SV Dörnigheim FC. Va debutar a la Bundesliga amb el FSV Frankfurt, on va jugar de 1993 a 1998. Durant aquest temps, Prinz va guanyar dos títols de la Bundesliga i dues copes d'Alemanya. El 1997 i el 1998 va ser la màxima golejadora de la Bundesliga. El 1998, es va traslladar al rival local 1.FFC Frankfurt, on va tenir el seu major èxit a nivell de club. En 13 temporades al club, Prinz va guanyar sis títols de la Bundesliga i vuit de la Copa d'Alemanya. També va guanyar el premi a la màxima golejadora de la Bundesliga dues vegades més el 2001 i el 2007. Prinz va guanyar la Lliga de Campions tres vegades amb el Frankfurt, a les temporades 2001–02, 2005–06 i 2007–08. També va arribar a la final el 2004, però va perdre davant l'Umeå IK suec.[3]
Durant dues temporades, Prinz es va unir al Carolina Courage a la lliga professional femenina WUSA dels Estats Units. Durant la seva curta estada a Amèrica, va guanyar el Campionat WUSA de 2002. Després de la Copa del Món de 2003, Prinz va rebutjar una oferta de l'AC Perugia per jugar a la Sèrie A masculina d'Itàlia, tement que el seu traspàs s'utilitzès com a truc publicitari i que acabés a la banqueta.[4]
Durant la seva etapa al FFC Frankfurt, Prinz va guanyar molts premis personals, inclòs un rècord de vuit guardons de futbolista alemanya de l'any entre 2001 i 2008.[5] Va ser nomenada Jugadora Mundial de l'Any de la FIFA el 2003, 2004 i 2005. Durant quatre anys consecutius, del 2007 al 2010, va quedar segona, darrere de la brasilera Marta.[6]
Carrera internacional
Als 16 anys, Prinz va debutar amb la selecció alemanya el juliol de 1994 contra el Canadà. Va entrar al minut 72 i va marcar el gol de la victòria al minut 89.[7] Un any més tard, va guanyar el seu primer títol important al Campionat d'Europa de 1995, marcant a la final. El mateix any, va ser inclosa a la selecció alemanya per a la Copa del Món Femenina de la FIFA de 1995, on va perdre contra Noruega en el partit final.[3] Continua sent la jugadora més jove que mai ha participat en una final de la Copa del Món.[7]
Durant la següent dècada, Prinz va tenir una de les carreres internacionals més exitoses en el futbol femení. Va guanyar quatre Europeus més de la UEFA el 1997, 2001, 2005 i 2009. Als Jocs Olímpics d'estiu va guanyar tres vegades el bronze amb l'equip alemany, els anys 2000, 2004 i 2008. A la Copa del Món Femenina de la FIFA de 2003, Prinz va ajudar Alemanya a guanyar el seu primer títol de Copa del Món femení. Va ser reconeguda com la millor jugadora i màxima golejadora del torneig. Prinz es va convertir en la capitana de l'equip nacional femení a finals de 2003, i va romandre fins a la seva retirada. Quatre anys més tard, a la Copa del Món Femenina de la FIFA de 2007, va ser capitana de l'equip per aconseguir el segon títol de la Copa del Món d'Alemanya; va rebre la Pilota de Plata com a segona millor jugadora del torneig.[3]
Prinz és fisioterapeuta.[8] El 2010 es va graduar amb el seu màster en psicologia a la Universitat Goethe de Frankfurt.[9] Des de gener de 2012, treballa com a psicòloga esportiva a l'acadèmia juvenil, equips femenins sub-17 i de la Bundesliga femenina al TSG 1899 Hoffenheim.[10]