Consagrat de jove a l'estudi de la filosofia i la música, i de caràcter poc sociable, les seves lectures de la "Histoire Naturelle" de Buffon i la seva posterior amistat amb ell l'inclinaren a l'estudi de les ciències naturals. Resident a París des del 1777, el 1785 el recomanarà per un lloc al Jardin du Roi i l'encoratjà a continuar augmentant i complementant la "Histoire Naturelle". Mentrestant, el seu principal entreteniment continua sent la música. A més de convertir-se en un notable executant de piano i orgue, es dedicà a la composició sent autor de cinc òperes: Armide (1777, perduda), Omphale (1783, no publicada), Scanderbeg (ca. 1785, destruïda per l'autor), Cyrus (ca. 1785) i Alcine (1786, no publicada). Algunes d'elles meresqueren els elogis de Gluck.
Publicà nombroses obres d'història natural, especialment sobre fauna marina. Entre el 1787 i 1789 publicà la Histoire naturelle de quadrupèdes ovipares et des serpents, la primera obra d'envergadura sobre amfibis i rèptils destinada a un públic massiu. Les seves il·lustracions eren mediocres, i no millorava la taxonomia d'aquests animals, per la qual cosa en aquest camp el treball de Josephus Nicolaus Laurenti (1735-1805), tot i ser més antic (1768), és notablement superior. Malgrat aquestes limitacions, l'obra de Lacépède contribueix a alenar l'estudi d'aquestes espècies.
Després de la Revolució Francesa, Lacèpéde fou elegit membre de l'assemblea legislativa. Oposat a Robespierre, per salvar la vida s'exilià durant el període del Terror. Vers el 1795 tornà a París; aquell any es convertí en secretari perpetu de la Académie des sciences, i retorna al Jardin du Roi (reanomenat aleshores Muséum national d'histoire naturelle i conegut com a Jardin des plantes) quan la càtedra de vertebrats fou dividida en dues, fent-se càrrec de la nova càtedra d'ictiologia i herpetologia que formalment ocuparia fins a la seva mort, tot i que en la pràctica fou reemplaçat el 1803 per André Marie Constant Duméril. També fou director del Museum per un any, entre el 1795 i el 1796.
El 1798 publicà el primer volum de la seva Histoire naturelle de poissons, el cinquè i últim volum de la qual aparegué el 1803. Paral·lelament, dedicà cada vegada més de la seva activitat a la política, fins a abandonar totes les activitats d'investigació i ensenyament el 1803. El 1799 Napoleó Bonaparte li proposà ser ministre de l'interior; rebutja el càrrec, però acceptà ser senador, i fou president del Senat el 1801. El 1804 fou ministre d'estat. Continuà en diverses funcions polítiques, entre elles el desenvolupament social i financer de la Legió d'Honor, de la qual fou el primer gran cavaller (des del 1803 i el primer canceller. Amb la caiguda de Napoleó es retirà de la vida política, dedicant els deu últims anys de la seva vida a escriure una història de la humanitat. La seva última obra, Les âges de la nature et l'histoire de l'espèce humaine, quedà inacabada; víctima d'una epidèmia de verola, morí a la seva finca d'Épinay a la nit entre el 6 i el 7 d'octubre del 1825.
Bibliografia parcial
Essai sur l'électricité naturelle et artificielle (1781).
Physique générale et particulière (1782-1784).
Théorie des comètes, pour servir au système de l'électricité universelle (1784).
La poétique de la musique, 2 vols. (1781 i 1785).
Histoire naturelle des quadrupèdes ovipares et des serpens, 2 vols., (1788-1789).
Vues sur l'enseignement public (1790).
Histoire naturelle des poissons, 5 vols. (1798-1803).
Tableau des divisions, sous-divisions, ordres et genres des mammifères (1798).
La Ménagerie du Muséum national d'histoire naturelle (1801).
Histoire naturelle des cétacées (1809).
Ellival et Caroline (1816).
Charles d'Ellival et Alphonsine de Florentino (1817).
Vue générale des progrès de plusieurs branches des sciences naturelles, depuis la mort de Buffon... (1818)
Histoire générale, physique et civile de l'Europe, depuis les dernières années du Viéme siècle jusque vers le milieu du XVIIIiéme, 18 vols. (publ. pòstumament el 1826).
Histoire naturelle de l'homme, précédée de son éloge historique par M. le Baron G. Cuvier (publ. pòstumament el 1827).
Les âges de la nature et l'histoire de l'espèce humaine (fragments publ. pòstumament el 1830).