El primer club de la ciutat va ser el FC Bérgamo, fundat el 1904 per emigrants suïssos. Tres anys més tard nasqué l'Atalanta i el seu nom prové de l'atleta femenina Atalanta de la mitologia grega. L'any 1920 l'Atalanta i un tercer club anomenat Bergamasca s'uniren per formar l'Atalanta Bergamasca di Ginnastica e Scherma 1907. L'any 1928 es traslladà a la seva actual ubicació al viale Giulio Cesare, on es troba el seu estadi, l'Atleti Azzurri d'Italia, antigament anomenat Mario Brumana.
L'any 1929 s'incorporà a la lliga italiana i deu anys més tard aconseguí l'ascens a la primera divisió (Serie A). Des d'aleshores, i fins al 2005 el club ha disputat 45 cops la màxima competició del país. El seu primer títol l'aconseguí el 1963, la Coppa Italia. A nivell internacional la seva millor participació fou una semifinal europea de la Recopa el 1988, fins que el 2024 va guanyar la Lliga Europa de la UEFA.
