El vicariat apostòlic de l'Àfrica central va ser erigit el 3 d'abril de 1846, amb territori pres del vicariat apostòlic d'Egipte i Aràbia (avui vicariat apostòlic d'Alexandria d'Egipte). Inicialment, el vicariat apostòlic, amb seu a Khartum, tenia jurisdicció sobre un territori enorme, que comprenia el Sudan, el Txad, Níger i Uganda.
El 27 d'octubre de 1880 cedí una part del seu territori per tal que s'erigís el vicariat apostòlic de Nyanza (avui arquebisbat de Kampala).
El 30 de maig de 1913 cedí una altra part del seu territori per tal que s'erigís de la prefectura apostòlica de Bahr el-Ghazal (avui bisbat de Wau) i paral·lelament canvià el seu nom pel de vicariat apostòlic de Khartum.
El 28 d'abril de 1914 cedí de nou una part del seu territori per tal que s'erigís la prefectura apostòlica d'Adamaua (avui bisbat de Nkongsamba).
El 10 de gener de 1933, el 28 d'abril de 1942, el 9 de gener de 1947 i el 10 de maig de 1960 cedí noves porcions del seu territori per tal que s'erigís respectivament de la missió sui iuris de Kodok (avui bisbat de Malakal), de la prefectura apostòlica de Niamey (avui arxidiòcesi) i Fort-Lamy (avui arquebisbat de N'Djamena) i del vicariat apostòlic d'El Obeid (avui diòcesi).