A les conques intercomunitàries l'Agència té competències compartides amb la Confederació Hidrogràfica de l'Ebre, pel que fa al sanejament, proveïment, intervenció en el domini públic hidràulic i canalitzacions.
Competències de l'Agència Catalana de l'Aigua
Conques internes
Elaborar i revisar els plans, projectes hidrològics, i fer-ne el seguiment.
La promoció, construcció i explotació de les obres hidràuliques competència de la Generalitat.
El control de la qualitat i la quantitat de les aigües.
La gestió, la recaptació, l'administració i la distribució dels recursos econòmics que li atribueix la legislació d'aigües i l'elaboració del seu pressupost.
Atorgament, administració i control dels aprofitaments hidràulics.
L'atorgament de les autoritzacions i les concessions.
El control, la vigilància, la inspecció, la planificació, l'autorització de l'adopció de decisions sobre el repartiment i l'assignació de recursos hídrics a la xarxa Ter-Llobregat i les relacions de col·laboració amb les entitats locals.
La intervenció administrativa i el cens dels aprofitaments de les aigües superficials i subterrànies existents i dels abocaments que poden afectar les aigües superficials, subterrànies i marítimes.
La promoció d'entitats i associacions vinculades a l'aigua i el foment de llurs activitats.
L'obtenció de la informació necessària de les persones físiques i jurídiques, públiques o privades, per a l'exercici de les competències que se li atribueixin.
La determinació de les zones inundables.
La proposta al Govern de l'establiment de limitacions en l'ús de les zones inundables que s'estimen necessàries per a garantir la seguretat de les persones i els béns.
Conques intercomunitàries
El sanejament i abastament en alta, és a dir, fora de l'àmbit municipal.
L'execució de la policia del domini públic hidràulic i les seves zones d'influència.
El tràmit dels expedients que es requereixen a aquest domini, llevat d'atorgament de concessions d'aigua.
La promoció d'entitats i associacions vinculades a l'aigua i el foment de llurs activitats
L'obtenció de la informació necessària de les persones físiques i jurídiques, públiques o privades, per a l'exercici de les competències que se li atribueixin.
La proposta al Govern de l'establiment de limitacions en l'ús de les zones inundables que s'estimen necessàries per a garantir la seguretat de les persones i els béns.
