El juliol de 2013 Embarba va fitxar pel Rayo Vallecano, per jugar a l'equip B també a la tercera divisió.[2] El 30 d'agost va debutar amb el primer equip, i a La Liga substituint el lesionat Iago Falque i jugant 65 minuts en una derrota per 1–2 a casa contra el Llevant UE.[3]
El 12 de juny de 2014 Embarba va signar un nou contracte de tres anys amb el Rayo, i passà a formar part definitivament del primer equip.[4] El 23 de gener de 2020 fou fitxat pel RCD Espanyol.[5]