El club va ser fundat amb el nom d'Athlitiki Enosi Larissas l'any 1964 com a resultat de la fusió de quatre clubs locals: Iraklis Larissas (1930), Aris Larissas (1926), Toxotis Larissas (1943) i AO Larissaikos (1930). Ràpidament ascendí a primera divisió i l'any 1988 es proclamà campió grec, l'únic que no és de cap de les tres ciutats més grans del país (Atenes, El Pireu i Salònica). L'equip declinà i l'any 2000 baixà a tercera divisió en patir una fallida econòmica. El 2003 va haver de canviar el seu nom a AEL 1964 com a resultat d'aquest fet.