Ovaj članak ili neki od njegovih odlomaka nije dovoljno potkrijepljen izvorima (literatura, veb-sajtovi ili drugi izvori). Ako se pravilno ne potkrijepe pouzdanim izvorima, sporne rečenice i navodi mogli bi biti izbrisani. Pomozite Wikipediji tako što ćete navesti validne izvore putem referenci te nakon toga možete ukloniti ovaj šablon.
Brzo je napredovao u vojsci, došavši do čina generala. Tokom okupacije Dominikanske Republike od strane SAD-a (1916.-1924.), bio je saradnik SAD-a. Kada je grad Santo Domingo poharao uragan, predstavio je ambiciozni plan obnove. Preimenovao je Santo Domingo u Trujillo City, i najvišu planinu u Vrh Trujillo. Djeca u školi su recitirala: "Bog, domovina, i Trujillo." Bio je strašno vlastohlepan, a svi porivi su zadovoljeni kada je svrgnuo predsjednika Horatia Vasqueza. Osnovao je posebnu tajnu službu koja je zatvarala, ubijala ili proganjala svu opoziciju. Sukobljavao se i sa Haitijem, a godine 1937. naredio je dominikanskim vojnicima odmazdu, oni su napravili masakr nad 20.000 radnika na plantažama šećerne trske, koji nisu mogli izgovoriti slovo "r" u riječi "perejil", što na španskom znači peršin. Prihvaćao je jevrejske useljenike, i prognane republikance. Proglasio je plesmerengue nacionalnim plesom, a navodno je sam bio dobar plesač.
Volio je pokazivati odličja. Ubrzao je ekonomski razvoj zemlje i u potpunosti otplatio vanjski dug. Ženio se tri puta i imao šestero djece. Stanovnici Dominikanske Republike zvali su ga "Jarac", zbog brojnih preljuba.
Protiv diktatorskog režima Rafaela Trujilla djelovale su i sestre Mirabal kao političke aktivistkinje grupe "Leptiri" (špan. Las Mariposas). Dana 25. novembra1960. je poslao tajnu policiju da ih likvidira i inscenira saobraćajnu nesreću, međutim, narod se nakon tog događaja dodatno razbjesnio, pa je ta brutalna likvidacija ojačala pokret protiv njegovog režima.
Ubijen je 1961. godine od strane pripadnika vlastitih oružanih snaga, oružjem koje im je dala CIA.
Pokopan je na grobljuPère-Lachaise.
