RNK-polimeraza II

Transkripcijska funkcija RNK-polimeraze: zeleno – sintetizirani lanac RNK pomoću enzima

RNK-polimeraza II (RNAP II i Pol II) je multiproteinski kompleks koji transkribira DNK prekurskorne iRNK i većine malih jedarnih RNK (snRNK) i mikroRNK.[1][2] Jedna je od tri RNKP-azna enzima u jeddrima eukariotskih ćelija. Sa kompleksom od 12 podjedinica od 550 kDa, RNKP II je najistaknutiji tip RNK-polimeraza. Širok spektar transkripcijskih faktora potreban je da bi se vezao za uzvodni gen promotor i započeo transkripciju.

Podjedinice

RNK- polimeraza II Saccharomyces cerevisiae sadrži svih 12 podjedinica.[3]
Eukariotska RNk-polimeraza II Saccharomyces cerevisiae, PDB ID.[4]
Podjedinice: RPB3 – narandžasta , RPB11 – žuta , RPB2 – oker , RPB1 – crvena, RPB6 – pink, a ostalih sedam su sive

Jezgro eukariotske RNK-polimeraza II prvo je pročišćena pomoću testova transkripcije.[5] Prečišćeni enzim obično ima 10-12 podjedinica (12 kod ljudi i kvasca) i nije sposoban za specifično prepoznavanje promotora.[6] Poznate su mnoge interakcije podjedinica-podjedinica.[7]

  • DNK-usmjerena RNK-polimeraza II podjedinica RPB1 – enzim kod ljudi je kodiran genom POLR2A , a u kvascu kodiran RPO21-om. RPB1 je najveća podjedinica RNK-polimeraze II. Sadrži karboksi terminalni domen (CTD), sastavljen od do 52 heptapeptidna ponavljanja (YSPTSPS) koja su neophodna za aktivnost polimeraze.[8] CTD je prvi put otkriven u laboratoriji C. J. Inglesa na Univerzitetu u Torontu i J. L. Cordena na Johns Hopkins University. U kombinaciji sa nekoliko drugih podjedinica polimeraze, podjedinica RPB1 tvori domen vezanja DNK-polimeraze, brazdu u kojoj se DNK predložak transkribira u RNK.[9] Snažno komunicira sa RPB8.[7]
  • RPB2 (POLR2B) – druga po veličini podjedinica koja, u kombinaciji s najmanje dvije druge podjedinice polimeraze, unutar polimeraze stvara strukturu koja održava kontakt na aktivnom mjestu enzima između matrice DNK i novosintetizirane RNK.[10]
  • RPB3 (POLR2C) – je treća po veličini podjedinica. Postoji kao heterodimer s drugom podjedinicom polimeraze, POLR2J čineći podsklop jezgra. RPB3 snažno komunicira sa RPB1-5, 7, 10–12.[7]
  • RNK-polimeraza II podjedinica B4 (RPB4) – kodirana je genom POLR2D,[11] četvrta je po veličini podjedinica i može imati ulogu zaštite od stresa.
  • RPB5 – Kod ljudi je kodirana genom POLR2E. Dvije molekule ove podjedinice nalaze se u svakoj RNK-polimerazi II.[12] RPB5 snažno komunicira s RPB1, RPB3 i RPB6.[7]
  • RPB6 (POLR2F) – formira strukturu s najmanje dvije druge podjedinice koja stabilizira transkribirajuću polimerazu na DNK matrici.[13]
  • RPB7 – kodirana genom POLR2G i može imati ulogu u regulaciji polimeraznih funkcija.[14] RPB7 snažno komunicira s RPB1 i RPB5.[7]
  • RPB8 (POLR2H) – komunicira sa podjedinicama RPB1-3, 5 i 7.[7]
  • RPB9 – sastoji se od žlijeba u kojem se kalup DNK transkribira u RNK RPB9 (POLR2I) i RPB1.
  • RPB10 – proizvod gena POLR2L. Interakcija je s RPB1-3 i 5 i snažno s RPB3.[7]
  • RPB11 – podjedinica RPB11 kod ljudi i sama se sastoji od tri podjedinice : POLR2J (RPB11-a), POLR2J2 (RPB11-b) i POLR2J3.[15] (RPB11-c).
  • RPB12 – također komunicira s RPB3 – je RPB12 (POLR2K).[7]

Sklapanje

U sklapanje RNA polimeraze II uključen je RPB3.[16] Potkompleksi RPB2 i RPB3 pojavljuju se ubrzo nakon sinteze podjedinice.[16] Ovaj kompleks naknadno stupa u interakciju s RPB1. RPB3, RPB5 i RPB7 međusobno komuniciraju kako bi formirali homodimere, te RPB3 i RPB5 zajedno mogu kontaktirati sve ostale RPB podjedinice, osim RPB9.[7] Samo se RPB1 snažno veže za RPB5.[7] Podjedinica RPB1 također kontaktira sa RPB7, RPB10 i još slabije, ali većinom efikasno, s RPB8. Kada RPB1 uđe u kompleks, mogu ući i druge podjedinice, kao što su RPB5 i RPB7, gdje se RPB5 veže za RPB6 i RPB8, a RPB3 dovodi RPB10, RPB 11 i RPB12.[7] RPB4 i RPB9 mogu ući nakon što se sklopi veći dio kompleksa. RPB4 tvori kompleks sa RPB7.[7]

Također pogledajte

Reference

  1. ^ Kornberg RD (decembar 1999). "Eukaryotic transcriptional control". Trends in Cell Biology. 9 (12): M46–9. doi:10.1016/S0962-8924(99)01679-7. PMID 10611681.
  2. ^ Sims RJ, Mandal SS, Reinberg D (juni 2004). "Recent highlights of RNA-polymerase-II-mediated transcription". Current Opinion in Cell Biology. 16 (3): 263–71. doi:10.1016/j.ceb.2004.04.004. PMID 15145350.
  3. ^ Meyer PA, Ye P, Zhang M, Suh MH, Fu J (juni 2006). "Phasing RNA polymerase II using intrinsically bound Zn atoms: an updated structural model". Structure. 14 (6): 973–82. doi:10.1016/j.str.2006.04.003. PMID 16765890.
  4. ^ Armache, Karim-Jean; Mitterweger, Simone; Meinhart, Anton; Cramer, Patrick (2019). "Structures of complete RNA polymerase II and its subcomplex, Rpb4/7" (PDF). Journal of Biological Chemistry. 280 (8): 7131–1734. doi:10.2210/pdb1wcm/pdb. PMID 15591044.
  5. ^ Sawadogo M, Sentenac A (1990). "RNA polymerase B (II) and general transcription factors". Annual Review of Biochemistry. 59: 711–54. doi:10.1146/annurev.bi.59.070190.003431. PMID 2197989.
  6. ^ Myer VE, Young RA (oktobar 1998). "RNA polymerase II holoenzymes and subcomplexes". The Journal of Biological Chemistry. 273 (43): 27757–60. doi:10.1074/jbc.273.43.27757. PMID 9774381.
  7. ^ a b c d e f g h i j k l Acker J, de Graaff M, Cheynel I, Khazak V, Kedinger C, Vigneron M (juli 1997). "Interactions between the human RNA polymerase II subunits". The Journal of Biological Chemistry. 272 (27): 16815–21. doi:10.1074/jbc.272.27.16815. PMID 9201987.
  8. ^ Brickey WJ, Greenleaf AL (juni 1995). "Functional studies of the carboxy-terminal repeat domain of Drosophila RNA polymerase II in vivo". Genetics. 140 (2): 599–613. PMC 1206638. PMID 7498740.
  9. ^ "Entrez Gene: POLR2A polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide A, 220kDa".
  10. ^ "Entrez Gene: POLR2B polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide B, 140kDa".
  11. ^ Khazak V, Estojak J, Cho H, Majors J, Sonoda G, Testa JR, Golemis EA (april 1998). "Analysis of the interaction of the novel RNA polymerase II (pol II) subunit hsRPB4 with its partner hsRPB7 and with pol II". Molecular and Cellular Biology. 18 (4): 1935–45. doi:10.1128/mcb.18.4.1935. PMC 121423. PMID 9528765.
  12. ^ "Entrez Gene: POLR2E polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide E, 25kDa".
  13. ^ "Entrez Gene: POLR2F polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide F".
  14. ^ "Entrez Gene: POLR2G polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide G".
  15. ^ "POLR2J3 polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide J3".
  16. ^ a b Kolodziej PA, Young RA (septembar 1991). "Mutations in the three largest subunits of yeast RNA polymerase II that affect enzyme assembly". Molecular and Cellular Biology. 11 (9): 4669–78. doi:10.1128/mcb.11.9.4669. PMC 361357. PMID 1715023.

Vanjski linkovi

(Wayback Machine copy)

Portal iconPortal Biologija