U životinja barem tako kompleksnih kao gliste, u embrionu (blastuli) se formira udubljenje s jedne strane zvano blastopor, koji produbljavanjem postaje arhenteron, u prvoj fazi razvoja crijeva. U deuterostoma, originalno udubljenje postaje anus a crijevo na kraju tunela stvara drugi otvor, koji čini usta. Protostome su tako nazvana jer se ranije mislilo da se u njihovim embrionskom udubljenju formiraju usta dok se kasnije oblikuje anus, otvor na drugom kraju crijeva.
Bliža istraživanja, međutim, pokazuju da se u protostoma rubovi udubljenja zatvaraju u sredini, ostavljajući otvore na krajevima koji postaju usta i anus.[4] Međutrim, ova ideja je izazovna, jer Acoelomorpha, grupa koja može biti sestrinska ostatku bilaterianih životinja, imaju usta koja vode u slijepo crijevo (bez anusa). Geni koji učestvuju u kontroli ovakvih embrionskih usta su isti kao i oni koji se ispoljavaju kod protostoma.[5]
Postoje i druge značajne razlike između obrazaca razvoja protostoma i deuterostoma:
Većina protostoma su šizocelomatne životinje, što znači da tvrda masa embrionskog mezoderma podijeli nastajući celom. Nekoliko grupa, kao što su Priapulida, nemaju celom, ali možda su potomci šizocelomnih predaka. S druge strane, sve poznate deuterostome su enterocelne, što znači da se celom formira od uzdužnih vrećica arhenterona, koje onda postaju odvojene šupljine.
Unutar protostoma, veliki broj koljena prolaze kroz ono što je poznato kao spiralno brazdanje koja je determinirano, što znači da je sudbina ćelija određena onako kako se formiraju. To je u suprotnosti sa deuterostomama, sa radijalnim brazdanjem, koje je nedeterminirano.
Molekulske analize ukazuju da se protostomne životinje mogu se podijeliti u tri glavne grupe:
^Campbell N. A.; et al. (2008). Biology. 8th Ed. Person International Edition, San Francisco. ISBN978-0-321-53616-7. Eksplicitna upotreba et al. u: |author= (pomoć)
^Sofradžija A., Šoljan D., Hadžiselimović R. (2004). Biologija 1. Svjetlost, Sarajevo. ISBN9958-10-686-8.CS1 održavanje: više imena: authors list (link)
