Micelij je vegetativni dio gljiva ili gljivolikih bakterijskih kolonija, koji sadrži masu razgranatih niti, poput mreže ili klupka hifa. Masa hifa ponekad se naziva i „širo“, posebno unutar pečurki. Gljivične kolonije sastavljene od micelija nalaze se u zemljištu i mnogim drugim supstratima. Tipska pojedinačna spora klija u monokarionski micelij koji se ne može reproducirati seksualno; kada se dva kompatibilna monokarionska micelija spoje i formiraju dikarionski, taj micelij može formirati plodna tijela kao što su gljive. Micelij može biti minimalan, formiraći koloniju koja je premala da bi se mogla vidjeti, ili može narasti toliko da prekrije na hiljade hektara kao u rodu Armillaria.
Jedna od glavnih uloga gljiva u ekosistemu je razgradnja organskih spojeva. Naftni proizvodi i neki pesticidi (kontaminanti tla) su organske molekule (tj. izgrađene su na ugljičnoj strukturi) i na taj način imaju potencijalni izvor ugljika za gljive. Stoga one mogu iskorijeniti takve zagađivače iz svoje okoline, osim ako se hemikalije ne pokažu toksičnim i za njih. Ova biološka degradacija je proces poznat kao mikoremedijacija.
Za micelijsku prostirku se pretpostavlja da ima potencijal bioloških filtera, ler uklanjaju hemikalije i mikroorganizme iz tla i vode. Upotreba micelija gljivica da bi se to postiglo nazvana je mikofiltracija.
Poznavanje odnosa između mikoriznih gljiva i biljaka sugerira nove načine poboljšanja prinosa usjeva.
Kada se širi po prokopanim cestama za sječu, micelij može djelovati kao vezivno sredstvo, držeći na mjestu novo tlo i sprečavajući nanošenje prašine dok se drvenaste biljke ne uspostave.
Od 2007. godine kompanija zvana Ecovative Design razvija alternative polistirenskoj i plastičnoj ambalaži, uzgojem micelija u poljoprivrednom otpadu. Dva sastojka se miješaju i stavljaju u kalup tokom 3–5 dana, da prerastu u trajni materijal. Ovisno o soju micelija koji se koristi, oni čine mnogo različitih vrsta materijala, uključujući upijače za vodu, vatrootporne i dielektrične.[2]
U 2013., druga kompanija (MycoWorks) počela je proizvoditi micelijski namještaj, micelijske cigle i micelijsku kožu. Bolt Threads je druga kompanija koja koristi micelij za stvaranje lažne "kože", zvane Mylo, koju je u dizajnirala Stella McCartney.[3]
Gljive su neophodne za pretvaranje biomase u kompost, jer razgrađuju komponente sirovine kao što je lignin, što mnogi drugi mikroorganizmi za kompostiranje ne mogu.[4] Prevrtanje hrpe komposta u dvorištu obično će izložiti vidljive micelije koje su se formirali na organskim materijalima koji propadaju unutar. Kompost je važan dodatak tla i gnojivo za organsku poljoprivredu, povrtlarstvo i hortikulturu. Kompostiranje može preusmjeriti značajan dio čvrstog komunalnog otpada sa odlagališta.[5]