U Zrinjski je došao 2008. godine iz Posušja i odmah se standardizovao u sastavu. U naslov šampiona ugradio 29 nastupa i šest golova, dok je u prošloj sezoni zbog povrede leđa upisao tek 17 ligaških nastupa. Stojanoviću je završetkom sezone 2009/10 istekao dvogodišnji ugovor sa Zrinjskim, tako da je portugalskom klubu pristupio kao slobodan igrač. Potpisom za Nacional Stojanović je postao drugi igrač Zrinjskog koji je karijeru nastavio u Portugalu, a prvi je bio Lamine Diarra koji je 2007. prešao u Beira-Mar.