Йената се въвежда като парична единица в Япония през 1871 г. след Реставрацията Мейджи, по подобие на европейските валути. Правителството подписва официален акт за въвеждането ѝ на 10 май 1871 година. Тя заменя сложната система от Периода Едо, използвана дотогава, в рамките на която се използвали паралелно златни, сребърни, медни и хартиени парични знаци. Първоначално йената има подразделения, наречени сен (на японски: 銭), равни на 0,01 от йената, и рин (на японски: 厘), равни на 0,001 от йената (1 йена = 100 сена = 1000 рина). От 1954 г. тези подразделения не се използват, но понятието „сен“ все още се употребява във финансовия свят. При въвеждането на валутата официално тя се е равнявала на 0,78 тройунции сребро (24,26 g) и е имала златно покритие, като 1 йена = 1,5 g злато, т.е. спрямо йената е прилаган биметален стандарт. След девалвацията на среброто през 1873 г. йената се обезценява силно спрямо щатския долар и канадския долар, което налага приемането на златния стандарт. По този начин курса на йената се замразява на $ 0,50.[2] Впоследствие Япония няколко пъти отменя и отново въвежда златния стандарт в зависимост от икономическата ситуация.
Статус на международно призната валута йената получава на 11 май 1953 г., когато Международния валутен фонд я одобрява с паритет, равняващ се на 2,5 mg злато. След Втората световна война и последвалия период на нестабилност на японската икономика от 25 април 1949 г. курсът на йената е фиксиран към американския долар, като 1 $ е приравнен на 360 ¥. Този обменен курс се поддържа до 1971 г., когато САЩ преустановява използването на златния стандарт. От 1973 г., след крахът на Бретън-Уудската валутна система йената има плаващ курс, който се определя в зависимост от пазарните условия. Към август 2005 г. 110 ¥ се разменят за 1 $. Към 1 януари 2011 г. 1 USD се равнява на 81,12 JPY.
Според исторически сведения първата японска монета се е появила през 708 г. При въвеждането на йената се секат сребърни монети от 5, 10, 20 и 50 сена и 1 йена; и златни монети в купюри от 2, 5, 10 и 20 йени. По-късно се въвежда златна монета от 1 йена, а от 1873 г. медни от 1 рин, ½, 1 и 2 сена. През 1889 г. са въведени 5 сена, а през 1920 г. и 20 сена от купроникел. От 1897 г. сребърната 1 йена е изтеглена от обращение, а размерът на златните монети е намален с 50%. Сребърните монети окончателно се спират от производство през 1938 г.
В обращение са монети с номинал 1, 5, 10, 50, 100 и 500 йени. Първата съвременна монета от 1 йена е била въведена през 1955 г., а тази от 500 йени през 1982 г. Монетите от 5 и 50 йени са с отвор в средата. Съвременните монети са изработени предимно от бронз, месинг и купроникел. Годината на царуване от ерата на съответния император при емитиране се намира на гърба на всички монети. Например на монета, въведена през 2009 г. ще бъде изписано „Хейсей 21“, т.е. 21 година от царуването на император Акихито. Името на страната и номинала, изписан в йероглифната система канджи в повечето случаи е на предната част на монетите. Изключение прави монетата от 5 йени, където името е на гърба.
В редица случаи се пускат възпоменателни монети, изработени от злато и сребро. Въпреки че те са официално разплащателно средство обикновено имат колекционерска стойност и не са в обращение. Първите юбилейни монети са емитирани за Летните олимпийски игри от 1964 г. в Токио.
Първите йени във вид на банкноти са отпечатани през 1872 г. от немска компания с номинал от 10 сена до 100 йени. До основаването на Централната банка на Япония през 1882 г., която понастоящем единствена има право да издава банкноти, те са се печатали от 153 национални банки на различни държави. Банкнотите, които са в обращение, са с номинал 1000, 2000, 5000 и 10 000 йени. Купюрите от 1, 5, 10, 50, 100 и 500 йени са извадени от употреба постепенно между 1955 г. и 1994 г. Първоначално банкнотите под 50 йени са заменени с монети, а впоследствие и тези с номинал от 50 и 100. През 1957 и 1958 г. са въведени банкнотите от 5000 и 10 000 йени. 500 йени са заменени с монети след 1982 г., а 2000 йени са въведени в обращение през 2000 година.
Поради слабите защити на японските банкноти, те често са обект на фалшифициране, което налага постоянното им осъвременяване и пускане на нови серии. След въвеждането на новата „Серия Е“ през 2004 г. процента на фалшивите йени спада рязко.