Джамията е разположена на левия бряг на Вардар в едноименната махала Църна джамия, на улица „Цветан Арсов“ № 10. Изградена е от Фазъл Ахмед паша в 1659 година [2], след като починала единствената му щерка. Пашата издигнал джамията до гроба на момичето и според легендата от тъга наредил да се изгради от черен камък, откъдето идва и името на храма Църна джамия.