Епархията е основана в IV век като Дарданска архиепископия.
В 1656 година архиепископията отново става резиденциална е преименувана на Скопска.[1]
В 1680 година, заради мюсюлманския тормоз, архиепископ Петър Богдани мести седалището си в Янево. В 1821 година архиепископ Матей Красники мести седалището на архиепископията от Янево в Призрен, който остава седалище до средата на 80-те години, когато османските власти принуждават архиепископ Фулгенцие Царев да се премести в Скопие.[2]
На 29 октомври 1924 година става Скопска епископия. На 2 октомври 1969 година е обединена с титулярната Призренска епископия в Скопско-призренска епископия (Scopiensis-Prisrianensis). На 24 май 2000 година епархията отново е разделена на Призренска апостолическа администрация и Скопска епископия, суфраганен диоцез на Връхбосненската архиепископия.[1]
↑Žutić, Nikola. Vatikan i albanci u prvoj polovini XX veka (do 1941). Beograd, Centar za savremenu istoriju jugoistočne Evrope, 2000. с. 15. (на сръбски)
↑Николова, Бистра. Устройство и управление на Българската православна църква (ІХ-ХІV в.). София, Академично издателство „Проф. Марин Дринов“, 1997. с. 222.
↑ абвгдежзикSkopje // Magyar Katolikus Lexikon. Посетен на 31 октомври 2015.
↑ абМилевъ, Никола. Католишката пропаганда въ България прѣзъ XVII вѣкъ. София, Царска придворна печатница, 1914. с. 152.