Въпреки проблемите армейците изграждат млад състав, който успява да победи „Литекс“ за суперкупата на страната. На 5 август Лицензионната комисия дава лиценз на ЦСКА за участие в А група. Седмица преди началото на първенството напускат още трима футболисти – Никола Вуядинович, Ней и Хосе Гарсес (общо за около 2 млн. евро[2][3]). След започване на първенството армейците подписват договори с българските национали Здравко Лазаров и Владимир Манчев. ЦСКА остава без основен спонсор, след като договорът с Вивател е прекратен по взаимно съгласие. В 15-и кръг армейците, които са лидери, отстъпват първото място на Левски след равенство с Локомотив (Мездра). През целия полусезон се носят слухове за нови купувачи на отбора, като основното име, което се спряга, е това на украинския милиардер Константин Жеваго. През декември от ЦСКА обявяват, че се водят преговори с две фирми, едната от които е „Титан АС“, а другата е базирана в Абу Даби. В крайна сметка на 24 декември2008 г. официално е обявено, че е подписан предварителният договор за продажбата на отбора с „Титан АС“, като сумата, с която се спекулира в медиите, е от порядъка на 7 – 12 млн. евро.
През зимата петима играча подават молби за разтрогване на договорите в отбора. Четирима от тях успяват да прекратят договорите си с ЦСКА, като най-големи полемики предизвиква португалският полузащитник Фелипе да Коща който въпреки твърденията си, че ще преговаря за нов договор с ЦСКА, преминава в Левски. През зимата са привлечени голямо количество нови футболисти (националът Йордан Минев и голмайсторът Дормушали Саидходжа от Ботев (Пловдив), бившият вратар на ЦСКА Ивайло Петров, португалците Давид Мендес Силва и Руй Мигел от Локо (Мездра), както и Херман Пиетробон, Веселин Стойков и Асен Георгиев от Пирин), като 2-ма от тях (Пиетробон и Стойков) са преотстъпени. В медиите често излизат съобщения за забавени плащания към бивши футболисти и треньори на ЦСКА. След като ЦСКА пада в първия си мач за годината срещу Пирин за купата на България треньорът Димитър Пенев е освободен, а на негово място е назначен нов треньор, племенникът му, Любослав Пенев. На 6 март Димитър Борисов и Иво Иванов подписват договор за покупко-продажба на отбора с представителят на Прамод Митал, Александър Томов. Официален собственик на отбора е фирма „Титан Спорт“ ЕАД, дъщерна на „Титан АС“.
Със старта на пролетния полусезон армейците успяват да извоюват първото място с десет поредни победи. На 12 април2009 г. в Търговския регистър официално е публикувана информацията с новите собственици и новите управителен и надзорен съвети. Въпреки че води през по-голямата част от първенството, в крайна сметка ЦСКА остава на второ място само на 1 точка от „Левски“. За следващия сезон от ръководството съобщават, че възнамеряват да направят селекция изцяло от български футболисти.
Поради финансови задължения към НАП ЦСКА не получава лиценз за учатвие в европейските клубни турнири за сезон 2008/09. Това означава че шампионът на България няма право да участва в Шампионската лига. По предварителни данни отборът трябваше да започне от трети предварителен кръг. ЦСКА трябваше да е непоставен заради ниският си клубен коефициент. При загуба в трети предварителен кръг ЦСКА трябваше да участва в първи кръг за Купата на УЕФА.
Заб. Цифрите в скобите се отнасят за мачове в които футболистът е взел участие като резерва. Вратарите имат допуснати голове които са представени като отрицателни числа.
