Роден в Ню Йорк и отраснал в Лос Анджелис, при телевизионния продуцент Джералд Ейбрамс и жена му Каръл, първата работа на Джей Джей Ейбрамс е, когато той е на 15 години с написването на музиката към филма на Дон Дохлър - Nightbeast. Ейбрамс учи в Колежа Сара Лоуранс, където в горните класове се запознава с приятели, с които по-късно прави някои проекти за филми. Закупени от Touchstone Pictures неговите разработки се оказват най-съществени за създаването на филма Taking Care of Business, който се оказва и първият филм, продуциран от Ейбрамс. Участие във филма взимат Чарли Гродин и Джим Белуши. След това той продължава с продуцираното на Regarding Henry с участието на Харисън Форд, филма „Завинаги млад“ с Мел Гибсън и е един от създателите на култовия телевизионен сериал „Изгубени“.
От 1996 Ейбрамс е женен за Кати Макграт. Имат три деца: Хенри (роден 1998), Грация (родена 1999) и Август (роден 2006).
