Когато Чапман разкрива публично хомосексуалността си, възмутена гражданка пише до „Монти Пайтън“, че още в Библията ясно пишело какво ги чака хора като него. Ерик Айдъл шеговито отговаря: „Открихме го кой е. Изведохме го навън и го пребихме с камъни“.
Тежкият алкохолизъм на Чапман е причина за неразбирателства с останалите от групата. Това е и една от причините Джон Клийз да напусне „Летящия цирк“ след третия сезон. По време на най-лошия си период, Чапман пие по повече от два литра джин дневно.
Греъм Чапман умира от рак на 4 октомври 1989 г. Смъртта му е един ден преди 20-ата годишнина от първото излъчване на „Летящия цирк“.