Алфонсо е интелигентен, но и избухлив. От рано участва в управлението. През 1610 г. води поход на Мантуа против Лука за собствеността от Гарфаняна, разболява се от треска и се връща в Модена, а брат му Луиджи продължава боевете.
През 1626 г. Изабела умира при раждането на нейното 14-о дете. Две години след смъртта на баща му Чезаре на 11 декември 1628 г. Алфонсо го последва като херцог на Модена и Реджо. След седем месеца управление на 25 юли 1629 г. Алфонсо предава управлението на сина си Франческо и се оттегля в Мерано в Ордена на капуцините под името брат Джамбатиста да Модена (fra' Giambattista da Modena).
Следващи години
Той следва теология в Рим, основава манастир в Гьорц и е извикан да проповядва в Инсбрук и Виена. През 1632 г. се завръща в Модена, където проповядва и събира много свои привърженици. Той започва да привлича евреите към християнството.
Алфонсо се оттегля в основания от него манастир в Кастелнуово ди Гарфаняна, където умира на 24 май 1644 г.
Потомство
Алфонсо III д’Есте и Изабела Савойска имат 14 деца:
G. Panini: La famiglia Estense da Ferrara a Modena, Ed. Armo, Modena 1996
Riccardo Rimondi: Estensi. Storie e leggende, personaggi e luoghi di una dinastia millenaria. Cirelli & Zanirato, Ferrara 2008, ISBN 978-88-902193-6-8, S. 210 – 213.