Чарлс Брейди постъпва на служба в USN през 1986 г. Завършва институт по военна медицина в Пенсакола, Флорида. През юни 1986 г. е зачислен като лекар на 2 – ро авиокрило, базирано на самолетоносача USS Ranger (CV-61). Между 1988 и 1990 г. е включен в състава на демострационната ескадрила Сините ангели (на английски: Blue Angels).
Служба в НАСА
Чарлс Е. Брейди е избран за астронавт от НАСА на 31 март 1992 г., Астронавтска група №14. Той взима участие в един космически полет.
