Градът е основан през 1849 и носи името на индианско племе, обитавало района до началото на 19 век. През 1870 край Уейко е построен висящ мост над река Брасос по проект на Джон Огъстъс Рьоблинг, който по това време е мостът с най-голям отвор (142 m) в САЩ на запад от Мисисипи. Той съществува и днес, като се използва само за пешеходно движение.