Общината е разположена в североизточната част на област Перник. Част от нейната територия попада в историко-географската област Краище и в частност в по-малката историко-географска област Граово. С площта си от 484,213 km2 заема 3-то място сред 6-те общините на областта, което съставлява 20,22% от територията на областта. Границите ѝ са следните:
Релефът на община Перник е твърде разнообразен, от високо планински, през ниско планински, хълмист и котловинен. От северозапад на югоизток, по цялото протежение на общината се простират две котловини. На северозапад – южната половина на Брезнишката котловина, в южната част на която, в началото на Чардакския пролом на река Струма, южно от град Батановци се намира най-ниската точка на общината – 656 m н.в. Чрез пролома Кракра на югоизток Брезнишката котловина се свързва с Пернишката котловина, надморската височина на която е от 750 до 800 m.
Тези две котловини са оградени от частите на две планински редици: Завалско-Планската на северизток и Руйско-Верилската на югозапад.
Към Завалско-Планската планинска редица в пределите на общината попадат части от три планини. В най-северните ѝ предели попадат крайните югоизточни части на планината Вискяр. Най-високата ѝ точка на територията на община Перник е връх Кале (1052,5 m), издигащ се североизточно от село Вискяр. На югозапад чрез Радуйската седловинаВискяр се свързва с планината Люлин. В пределите на общината попадат нейните югозападни склонове, обърнати към Пернишката котловина, а най-високата ѝ точка връх Дупевица (1256 m) се издига североизточно от село Големо Бучино, на границата със Столична община. На югоизток от Пернишката котловина се издига четвъртата по височина планина в България – Витоша. В пределите на община Перник попада почти 1/3 от територията на планината, основно нейната западна част. На границата със Столична община, североизточно от село Чуйпетлово се извисява нейният най-висок връх Черни връх 2290 m.
На югозапад двете котловини (Брезнишката и Пернишката) са оградени от части на две ниски планини спадащи към Руйско-Верилската планинска редица. На северозапад от Чардакския пролом и западно от Брезнишката котловина се простират източните склонове на планината Черна гора. Нейната максимална височина в общината е връх Гарван (1100 m), разположен северозападно от село Планиница. Районът югоизточно от Чардакския пролом и югозападно от Пернишката котловина се заема от североизточните склонове на планината Голо бърдо. Нейният най-висок връх Ветрушка (1158 m) се издига югозападно от град Перник, на границата с община Радомир.
Води
Основна водна артерия на община Перник е река Струма, като в нейните предели протича най-горното ѝ течение. Реката извира от южното подножие на Черни връх и се насочва на юг-югозапад. При село Боснек завива на северозапад, а след това на север и се влива в язовир Студена (обем 25.2 млн. м3). След изтичането си от язовира при село Студена реката навлиза в Пернишката котловина и се насочва на север. Протича през областния център град Перник по цялото му протежение, а след него преминава през първия си пролом Кракра и навлиза в Брезнишката котловина. При град Батановци завива на юг, навлиза във втория си пролом Чардакския и напуска пределите на общината. При град Батановци в нея отдясно се влива първият ѝ по-голям приток – река Конска, която отводнява цялата Брезнишката котловина.
Климат, почви
В климатично отношение община Перник попада в умереноконтиненталната климатична област, а западните склонове на Витоша – в планинската климатична област.
В геоморфоложко отношение Пернишката котловина попада в Краищенско-Ихтиманската подобласт. Скалните формирования на геоложката основа са главните доставчици на материали, от изветряването на които са получени продуктите, образуващи днешната почвена покривка на района. Тя се отличава с голямо разнообразие на почвените видове и техните основни характеристики. Преобладават канелените почви и излужените смолници. Равнинната част на котловината е покрита с плодороден чернозем, по поречието на река Струма има алувиални наслойки. В периферията на котловината са образувани обширни пролувиални шлейфове. Мощността на хумусния хоризонт варира от 10 до 40 см. С изключение на смолниците останалите почви притежават благоприятни физически свойства – рохкав строеж, висока порьозност, добра аерация. Като цяло почвените условия в община Перник са благоприятни за отглеждане на зърнени, фуражни и технически култури, зеленчуци и трайни насаждения.
Растителност
Природният ландшафт до голяма степен е променен от дейността на човека. Основните дървесни видове са дъб (благун, цер), акация, келяв габър и др. От храстите най-разпространени са глог, шипка, трънка, дрян, къпина и др. Общата територия на горския фонд в общината е 174 866 дка, 142 114 дка са горите със специално предназначение. Преобладават горите с издънков произход, разстроена структура и ниска продуктивност (ІІІ-V бонитет). Те се използват основно за добив на дърва за огрев.
Народен парк „Витоша“ обхваща територия с обща площ 26 577 ха, от които 9 988 ха на територията на община Перник. В тази част на Витоша се срещат 32 редки, застрашени от изчезване растения, включени в Червената книга на Република България.
Минерални ресурси
По времето на терциера Пернишката котловина е била дъно на езерен басейн, в който са се наслоили мощни пластове. От този геоложки период датират и запасите от кафяви въглища в района, които предопределят насоката на икономическото развитие на общината. Кафявите въглища от Пернишкия въглищен басейн се експлоатират от „Мини Перник“ АД. Средногодишното производство е близо 2 млн. т. годишно.
От нерудните изкопаеми в общината е застъпен добивът на инертни материали, варовик, гранит. Варовиците (с големи запаси) са пригодни за добив на цимент и вар (Перник, Батановци). Кариерите за добив на варовик са затворени, но при възстановяване на циментопроизводството те отново ще функционират. Доломитите при кв. „Калкас“ и село Боснек са подходящи с флюси в металургията. Тук има подходящи находища за добив на монцонит и сиенит като облицовъчен камък.
Защитени местности
На 5 km южно от град Перник, в планината Голо бърдо, се намира резерватът Острица. Площта му е 134.6 ха и обхваща връх Острица (1146 m) и склоновете му – доловете Белите кладенци, Широки дол и Рибна вода. В резервата преобладават издънкови насаждения от габър, келяв габър, мъждрян. Флората се състои от 358 вида и 4 подвида, отнасящи се към 212 реда и 56 семейства. Въпреки малката си територия това представлява 1/10 част от флористичното богатство на България. Защитени от закона са 7 вида растения: ниско бясно дърво, урумово лале, горска съсънка, източна ведрица, урумов лопен, длановиден ветрогон и сръбско звънче. Въпреки неголемите отстояния на резервата от заобикалящите го градове – Перник, Батановци и Радомир, нарушенията на режима на защитената територия, стопанисвана от Горско стопанство – Радомир, са незначителни. Основна причина за това са „проветривостта“ на резервата и по-високата му надморска височина (1100 m) спрямо селищата с развита промишленост (700 – 800 m).
В района на Перник се намира най-дългата пещера в България – Духлата. Проучени са 15 km от нея. Открити са повече от 50 зали с площ над 50 m2 всяка.
Населени места
Общината се състои от 24 населени места. Списък на населените места, подредени по азбучен ред, население и площ на землищата им:[1]
През общината преминават три участъка от железопътната мрежа на България:
от изток на запад, по долината на река Струма, в т.ч. през областния център град Перник – участък от 18,2 km от трасето на жп линията София – Благоевград – Кулата;
от юг на север – началният участък от 18,6 km от трасето на жп линията Перник – Радуил – Волуяк;
целият участък от 16,2 km от спомагателната жп линия гара Разменна – Батановци.
↑на протежение от 15,3 km (от km 287,4 до km 302,7) Републикански път I-1 се дублира с автомагистрала Срума и на протежение от 0,3 km (от km 287,1 до km 287,4) с Републикански път I-6
↑на протежение от 0,3 km (от km 89,9 до km 90,2) Републикански път I-6 се дублира с Републикански път I-1