Марипоса е един от първоначалните окръзи в Калифорния, създадени при основаването на щата през 1850 г. Той е един от най-големите първоначални окръзи на щата, но територии, които някога са били част от Марипоса, сега са в дванадесет други окръга: Фресно, Иньо, Кърн, Кингс, Лос Анджелис, Мадера, Мърсед, Моно, Сан Бенито, Сан Бернардино, Сан Луис Обиспо и Тулери. Поради това окръгът Марипоса е известен като „окръг-майка“. Част от неговата територия е дадена на Тулери през 1852 г., на Мърсед през 1855 г., на Фресно през 1856 г., и на Моно през 1861 г.
Градът взема името си от рекичката Марипоса Крийк. Районът е кръстен така от испански пътешественици през 1807 г., след като те откриват големи рояци пеперуди (на испански: mariposas) в полите на Сиерите. Някои твърдят, че пеперудите всъщност били цветя.