Нарадзіўся 6 мая 1880 года ў г. Ашафенбург у сям’і інжынера-хіміка Эрнста Кірхнера(ням.) (бел.. У 1901 годзе скончыў гімназію ў Хемніцы. Потым вучыўся на факультэце архітэктуры Вышэйшай тэхнічнай школы ў Дрэздэне, наведваў Вучэбна-эксперыментальную майстэрню свабоднага і прыкладнога мастацтва ў Мюнхене. У гэты час ён пазнаёміўся з Блейлем. У 1903—1904 гадах вучыўся ў мастацкай школе фон Дэбшыца і Обрыста ў Мюнхене, затым працягнуў вывучэнне архітэктуры ў Дрэздэне. У 1905 годзе атрымаў дыплом архітэктара.
У 1905 годзе ён разам з Блейлем, Эрыхам Хекелем(руск.) (бел. і Карлам Шміт-Ротлуфам утварае групу «Мост» (Die Brücke), з якой пачалося станаўленне нямецкага экспрэсіянізму. 7 чэрвеня лічыцца днём заснавання гуртка. Пазней да іх далучыліся Васіль Кандзінскі, Аўгуст Маке, Аляксей фон Яўленскі. Назва была прапанавана Хекелем, ідэолагам гуртка стаў Кірхнер.
У 1906 годзе Кірхнер піша праграму групы. Улетку 1907 разам з Максам Пехштэйнам едзе ў Гопельн каля Дрэздэна, дзе шмат малюе. У 1908 годзе працуе на востраве Фемарн. У 1909—1911 гадах ездзіць маляваць на Морыцбургскія сажалкі.
У 1910-1911-гадах знаходзіцца ў групе мастакоў «Новы сэцэсіён(ням.) (бел.». У кастрычніку 1911 пераязджае ў Берлін, знаёміцца з Эрнай Шылінг, якая стала грамадзянскай жонкай Кірхнера. Тады ж засноўвае з Максам Пехштэйнам інстытут «МІУМ» (сучаснага выкладання ў жывапісе).
У 1913 г. Кірхнер напісаў «Хроніку мастацкай групы „Мост“», што прыводзіць да распаду групы.
У 1914 годзе ўдзельнічае ў мастацкай выставе ў Кёльне, з пачаткам Першай сусветнай вайны сыходзіць добраахвотнікам на фронт. У 1915 быў камісаваны з арміі па хваробе лёгкіх, накіраваны на лячэнне ў санаторый у Кёнігштайне(руск.) (бел.. У 1917 пераязджае на жыхарства і лячэнне ў Швейцарыю, жыве ў Штафельальпэ каля Давоса, да кастрычніка 1918 лячэнне ў санаторыі ў Кройцлінгене. 1922 стаў пачаткам сумеснай працы з Лізай Гуер.
У 1923 пераязджае ў Вільдбодэн, дзе робіць вялікую выставу работ у Базелі. У гэты час працуе над ілюстрацыямі да кнігі паэта Георга Гейма «Umbra Vitae». У 1925/26 здзяйсняе вялікае падарожжа па Германіі (Франкфурт-на-Майне, Хемніц, Дрэздэн, Берлін). У 1929 годзе едзе ў Эсэн, Берлін і Франкфурт-на-Майне. У 1933 годзе робіць вялікую выстаўку ў Берне. У 1937 мастак быў прылічаны нацыстамі да прадстаўнікоў «дэгенератыўнага мастацтва», 639 яго прац былі выдаленыя з нямецкіх музеяў.
У 1938, змучаны хваробай і маючы залежнасць ад наркотыкаў, мастак здзяйсняе самагубства, яго грамадзянская жонка Эрна Шылінг атрымлівае дазвол да самай смерці (2 кастрычніка 1945 г.) насіць прозвішча Кірхнер.