Клуб быў заснаваны 4 лютага1899 года як «Fußballverein Werder»[2] групай з шаснаццаці прафесійна-тэхнічных школаў, якія выйгралі прыз спартыўнага абсталявання[3]. Яны ўзялі сваю назву ад рэдка выкарыстоўваемага рэгіянальнага нямецкага слова «рачны паўвостраў», якое апісвае бераг ракі ў месцы, дзе спачатку гуляла каманда. На дадзены момант таварыства «Вердэр» налічвае 39 100 членаў[4].
Гісторыя
Пасля шматлікіх рэгіянальных поспехаў і заваёваў кубка, яго першы нацыянальны поспех прыйшоў з перамогай у Кубку Германіі ў 1961 годзе. Калі ў 1962 годзе была створана Бундэсліга, Брэмен стаў чэмпіёнам яе другога сезона ў 1965 годзе.
Клуб пакінуў Бундэслігу ў 1980 годзе на адзін сезон і вярнуўся туды са сваім новым трэнерам Ота Рэхагелем для новых перамог: другое месца ў 1983 і 1986 гадах, і яшчэ адно званне чэмпіёна ў 1988 годзе. У Кубку Германіі «Вердэр» выходзіў у фінал у 1989 і 1990 гадах, але канчаткова перамог у 1991 годзе. У наступным еўрапейскім Кубку Кубкаў Брэмен таксама быў паспяховы і выйграў яго ў 1992 годзе. У 1993 годзе «Вердэр» стаў чэмпіёнам у трэці раз. Кубак Германіі быў выйграны зноў і на наступны 1994 год.
У 1995 годзе Рэхагель сышоў з каманды, каб трэніраваць «Баварыю Мюнхен», і гэта прывяло да крызісу, які скончыўся толькі ў 1999 годзе з прыходам новага трэнера Томаса Шаафа. Брэмен перамог «Баварыю» ў фінале Кубка. Наступныя гады клуб замацаваўся ў верхняй палове табліцы лігі.
У 2004 годзе, праз пяць гадоў пасля прыходу Томаса Шаафа, «Вердэр» заваяваў свой чацвёрты тытул чэмпіёна. Каманда вырвалася на 9 ачкоў наперад і мела дзве гульні ў запасе, перад выязной гульнёй з супернікам — «Баварыяй». «Вердэр» перамог 3:1 і аформіў чэмпіёнства. Ледзь пазней клуб перамог каманду з Другой Бундэслігі«Алеманію» 3:2 у фінале Кубка Германіі. Гэта быў пяты кубак у гісторыі клуба. У выніку, у 2004 годзе быў зроблены залаты дубль (яго дамагаліся толькі чатыры каманды ў Германіі).
У 2009 годзе каманда прабілася ў фінал Кубка УЕФА, але прайграла ў авертайме данецкаму «Шахцёру» з лікам 1:2. Але затое каманда перамагла ў фінале Кубка Германіі ў леверкузенскага «Баера» з лікам 1:0, заваяваўшы шосты кубак у сваёй гісторыі.