У 1951 годзе на базе медыцынскага факультэта Будапешцкага ўніверсітэта быў арганізаваны Будапешцкі медыцынскі ўніверсітэт.
У 1969 годзе ўніверсітэту было прысвоена імя вядомага венгерскага ўрача і прафесара ўніверсітэта Ігнаца Земельвайса (1818—1865). Навучальная ўстанова пачала называцца Медыцынскім універсітэтам Земельвайса.
У студзені 2000 года адбылося аб'яднанне Медыцынскага ўніверсітэта Земельвайса з Універсітэтам навук аб здароўі Імрэ Хайнала і Універсітэтам фізічнага выхавання. Аб'яднаны ўніверсітэт атрымаў назву Універсітэта Земельвайса.