Прэзідэнцкія выбары прайшлі ў Егіпце ў два раўнды, першы — 23 і 24 мая, а другі — 16 і 17 чэрвеня 2012 года. «Браты-мусульмане» раніцай 18 чэрвеня 2012 года заявілі, што іх кандыдат Мухамед Мурсі перамог на прэзідэнцкіх выбарах у Егіпце, што стала першай перамогай ісламіста ў якасці кіраўніка дзяржавы ў арабскім свеце.[1] Гэта былі другія прэзідэнцкія выбары ў гісторыі Егіпта з больш чым адным кандыдатам пасля выбараў 2005 года, і першыя прэзідэнцкія выбары пасля егіпецкай рэвалюцыі 2011 года, якая зрынула прэзідэнта Хосні Мубарака падчас арабскай вясны. Прэзідэнцтва Мурсі, аднак, доўжылася крыху больш за год, перш чым ён быў адхілены ад улады ў выніку ваеннага перавароту ў ліпені 2013 года.
У першым раўндзе, з яўкай выбаршчыкаў у 46%, вынікі былі падзеленыя паміж пяццю асноўнымі кандыдатамі: Мухамед Мурсі (25%), Ахмед Шафік (24%), Хамдін Сабахі (21%), Абдэль Манім Абул Фату (17% ) і Амр Муса (11%), у той час як астатнія 2% былі падзеленыя паміж некалькімі меншымі кандыдатамі. Выбары заклалі аснову для рухаў, якія павінны былі прытрымлівацца ўздоўж ісламісцкіх і свецкіх ліній, а таксама супраць тых, хто падтрымлівае ранейшую палітычную эліту. Ісламісцкія кандыдаты Мурсі і Фату атрымалі прыкладна 42% галасоў, у той час як астатнія свецкія кандыдаты атрымалі 56% галасоў. Кандыдаты Шафік і Муса займалі пасады падчас рэжыма Мубарака і атрымалі 35% галасоў, у той час як Сабахі быў бачным дысідэнтам падчас рэжымаў Садата і Мубарака.
Пасля другога раўнда з яўкай выбаршчыкаў 52% на 24 чэрвеня 2012 года, выбарчая камісія Егіпта абвясціла аб тым, што кандыдат «Братоў-мусульман» Мухамед Мурсі выйграў выбары прэзідэнта Егіпта. Мурсі выйграў з невялікай перавагай над Ахмедам Шафікам, апошнім прэм’ерам зрынутага прэзідэнта Хосні Мубарака. Камісія заявіла, што Мурсі атрымаў 51,7% галасоў супраць 48,3% за Шафіка.[2] Мурсі быў прыведзены да прысягі 30 чэрвеня 2012 года, а затым быў адхілены ад улады ў выніку дзяржаўнага перавароту 3 ліпеня 2013 года.